Pada tahun 2013, Kementerian Dalam Negeri menangani tantangan terorisme di daerah pedalaman, ekstremisme sayap kiri, pemberontakan di wilayah Timur Laut, dan meningkatnya upaya infiltrasi dari luar perbatasan.
Setelah menghadapi kemarahan nasional atas pemerkosaan bus pada tanggal 16 Desember di sini, pada tanggal 1 Februari 2013, MHA mengeluarkan peraturan yang mengubah undang-undang pidana yang ada yang memastikan hukuman mati dalam kasus pemerkosaan yang paling jarang mengakibatkan kematian atau kondisi vegetatif yang persisten. Peraturan tersebut juga memasukkan saran-saran dari laporan Komite Kehakiman (Purn) JS Verma, yang dibentuk untuk menyarankan langkah-langkah untuk memeriksa kejahatan terhadap perempuan seperti serangan air keras, perdagangan manusia, pelecehan seksual di tempat kerja dan penguntitan.
Pada tanggal 18 Maret 2013, Kabinet menyetujui undang-undang baru yang melarang pemerkosaan, dengan usulan dari berbagai pihak mengenai usia dewasa, penguntitan, dan voyeurisme.
Afzal digantung, 4 ledakan besar
Seminggu setelah RUU penting tersebut disetujui, Menteri Dalam Negeri Sushilkumar Shinde mengumumkan pada tanggal 9 Februari 2013 penangguhan hukuman penyerangan Parlemen Afzal Guru. Ini merupakan eksekusi tingkat tinggi kedua setelah teroris Ajmal Kasab dieksekusi pada 26/11 pada November 2012. Guru (43), seorang lulusan perguruan tinggi kedokteran dan penduduk desa Tarzoo di kota Sopore di Kashmir utara, berada di dunia bawah tanah selama lebih dari 10 tahun setelah dihukum karena perannya dalam serangan yang berani tersebut. Guru, seorang militan JKLF yang menyerah, digantung dan dimakamkan di Penjara Tihar. Namun, suasana gembira di Blok Utara tidak bertahan lama ketika dua ledakan teror mengguncang Hyderabad pada tanggal 21 Februari, menewaskan 17 orang dan melukai 119 orang.
Serangan teror yang dilakukan oleh Mujahidin India di Dilsukh Nagar juga mengungkap celah dalam aparat kontra-teror dan kurangnya koordinasi antara lembaga-lembaga negara dan pusat, sehingga memaksa kementerian untuk mengumpulkan pusat fusi intelijen untuk menyebarkan intelijen yang dapat ditindaklanjuti kepada lembaga penegak hukum. Pusat-pusat di tingkat distrik ini juga telah dipercepat untuk mengisi kesenjangan intelijen karena Pusat Kontra-Terorisme Nasional menghadapi tentangan keras dari negara-negara.
Aktivitas teroris dalam negeri terus menjadi ancaman. Pada tanggal 17 April 2013 sekitar pukul 15.00, terjadi ledakan di dekat kantor negara bagian BJP di Bangalore, melukai 17 orang. Dua bulan kemudian, pada tanggal 7 Juli, ledakan berantai terjadi di Kuil Mahabodi di Bodh Gaya, melukai lima orang. Sebanyak 13 IED ditanam di lokasi kuil, 10 di antaranya meledak dan tiga yang masih hidup kemudian ditemukan. Teroris menyerang lagi pada tanggal 27 Oktober, menargetkan unjuk rasa ‘hunkar’ calon perdana menteri BJP Narendra Modi di Patna, Bihar. Delapan ledakan berantai menewaskan tujuh orang dan melukai sekitar 100 lainnya.
Di front ekstremisme sayap kiri, 158 warga sipil dan 109 personel keamanan tewas. Sebanyak 149 ultras berhasil dilumpuhkan.
Di Jammu dan Kashmir, 20 warga sipil dan 61 personel keamanan tewas sementara 98 teroris yang dilatih oleh Pakistan berhasil dilumpuhkan.
Di lima negara bagian timur laut, 81 warga sipil dan 21 personel keamanan tewas, sementara 135 teroris berhasil dilumpuhkan.
Dalam operasi gabungan, tim Biro Intelijen dan NIA menangkap salah satu pendiri Mujahidin India, Yasin Bhatkal dari Pokhra, Nepal pada 30 Agustus. Agen IM berpangkat tinggi lainnya, Assadullah Akhtar alias Tabrez alias Haddi, juga ditangkap.
MHA berhasil mengekstradisi teroris terkenal seperti Abu Jundal dan Abdul Karim Tunda serta tersangka IM Mohamed Fasih dari UEA. Kementerian mengamandemen Undang-Undang Kegiatan Melanggar Hukum (Pencegahan), tahun 1967, yang memperluas cakupan “aksi teroris” dengan memasukkan ancaman terhadap keamanan ekonomi.